Ξεκίνησε την ποδοσφαιρική του καριέρα στην ομάδα του Λεβαδειακού, την περίοδο 1988-'89. Φόρεσε τη φανέλα της ομάδας της Βοιωτίας 67 συνολικά φορές, μέχρι το καλοκαίρι του 1993, όταν και μεταγράφηκε στην ΑΕΚ, με τα χρώματα της οποίας αγωνίζεται μέχρι σήμερα. Αγαπημένη του θέση είναι αυτή του αριστερού μπακ, καθώς είναι αριστεροπόδαρος, αν και πολλές φορές αγωνίζεται και πιο προωθημένος.

Το πρώτο του παιχνίδι με τη φανέλα της ΑΕΚ χρονολογείται στις 18/8/1993, απέναντι στον Παναθηναϊκό, για το θεσμό του Σούπερ Καπ. Από τότε έγινε αναντικατάστατο μέλος στην 11άδα της Ενωσης, αλλά και σε εκείνη της Εθνικής ομάδας, με τη φανέλα της οποίας έχει αγωνιστεί 31 φορές.

Ξεχωριστές στιγμές της ποδοσφαιρικής του καριέρας, πάντα με τον Δικέφαλο, είναι το πρωτάθλημα Ελλάδας, που κατέκτησε την περίοδο 1993-'94, στην πρώτη του χρονιά στην Νέα Φιλαδέλφεια, αλλά και τα δύο Κύπελλα, τις χρονιές 1996 και 1997, που φιλοδοξεί να τα κάνει τρία φέτος, αφού η ομάδα του θα διεκδικήσει τον τίτλο στον τελικό κόντρα στον Ιωνικό.

Ο Μιχάλης Κασάπης περνάει την πιο άσχημη ίσως χρονιά της ποδοσφαιρικής του καριέρας φέτος. Τιμωρήθηκε με ποινή αποκλεισμού 24 αγωνιστικών για τη συμπεριφορά του στον αγώνα πρωταθλήματος με τον Ολυμπιακό, στις 15/11/99, στο Στάδιο "Νίκος Γκούμας". Πάντως, έχει ήδη εκτίσει την ποινή και επέστρεψε στον εκτός έδρας αγώνας πρωταθλήματος με την Παναχαϊκή, στο πλαίσιο της 28ης αγωνιστικής (16/4).